林木遗传育种系是由我国著名林木育种学家叶培忠教授在国内首先组建的林木遗传育种学科发展而来。拥有"林木遗传育种"国家级重点学科、江苏省重点学枓和国家林业局重点学科，并拥有林木遗传育种和林木基因组与生物信息学博士、硕士学位点。有林木遗传与生物技术教育部重点实验室、林木遗传与种质创新国际合作联合实验室、林木遗传与基因工程国家林业局重点实验室、林木遗传与基因工程江苏省（教育厅）重点实验室、杨树种质创新与品种改良江苏省（科技厅）重点实验室，并与南京大学共建有"植物分子生物学联合研究所"。经过五十多年的建设，已形成一支学术水平高、实力雄厚、年龄结构较为合理的师资队伍，拥有江苏高等学校优秀科技创新团队，取得了一系列具有国际先进水平和国内领先水平的科研成果，其中获得了国家科技进步一等奖2项、二等奖5项、三等奖2项及省部级科技进步一、二、三等奖多项。

主要研究方向：

1、林木遗传改良：主要进行杨树、杉木、马尾松、鹅掌楸、枫香、银杏等重要针阔叶树种的生长、木材品质等重要性状的遗传改良及百合、石蒜、石竹等花卉的品种选育研究。

2、林木基因组：主要从基因组分子水平上研究林木（花卉）重要基因的结构、功能、表达与调控等。

3、基因工程和细胞工程：主要进行林木组织培养、细胞培养、体胚发生等规模化繁育良种，林木速生、优质、高抗等方面的转基因研究等。

4、群体遗传与进化：主费研究重要森林树种的遗传多样性、群体遗传结构、现有分布格局的历史成因、进化历程等。

系主任：薛良交

支部书记：李小平

副主任：陈英、陈赢男

教授：尹佟明、陈金慧、季孔庶、徐立安、徐进、边黎明、李火根、潘惠新、童春发、席梦利、胥猛、薛良交、叶亚进、喻琼

副教授：陈英、陈赢男、程强、李小平、甄艳、侯静

讲师：杨立伟、吴怀通、倪州献、郝兆东、国颖

实验师：王光萍（高级实验师）、戴晓港（高级实验师）、陆叶、张嵩玥